او چندی پس از گذراندن دوره محكومیت و آزادی از زندان دارفانی را وداع گفت. طی این سه سال سیدمحمود نواب میرلوحی، از بستگان نزدیك سیدمجتبی، عهده‌دار سرپرستی وی بود.

 

سیدمجتبی در ۷ سالگی وارد دبستان حكیم نظامی شد و سپس در مدرسه صنعتی آلمانی‌ها به تحصیل ادامه داد. او همزمان در یكی از مساجد خانی‌آباد نو به فراگیری دروس دینی نیز مشغول شد و پس از خروج رضاخان از كشور به فعالیت های سیاسی روی آورد. سخنرانی وی علیه دولت قوام‌السلطنه در ۱۷ آذر ۱۳۲۱ در حالی كه ۱۸ سال بیش نداشت اولین مبارزه وی علیه حكومت پهلوی محسوب می‌شد.

 

در پی این سخنرانی و تهییج دانش‌آموزان دیگر مدارس و همراهی عده‌ای از مردم ناراضی، تظاهراتی در مقابل مجلس شورای ملی علیه قوام برگزار شد كه با مداخله و تیراندازی پلیس، دو نفر شهید شدند. این حادثه اثر عمیقی در شخصیت سیدمجتبی گذاشت و او را در راه مبارزه با حكومت پهلوی مصمم‌تر ساخت.

 

در ۱۳۲۲ سیدمجتبی به استخدام شركت نفت درآمد و پس از مدت كوتاهی به آبادان منتقل شد. مدتی بعد برخورد شدیدی از سوی یكی از متخصصین انگلیسی شركت نفت با یكی از كارگران صورت گرفت كه به دنبال آن، نواب كارگران را به اعتراض و اجرای قصاص دعوت كرد. با دخالت پلیس و نیروهای نظامی، اعتراضات سركوب شد. نواب نیز فرار كرده و شبانه به وسیله قایق از آبادان به سوی بصره و سپس نجف روانه شد. او برای امرار معاش به ساخت و فروش عطر روی آورد.

 

سیدمجتبی در مدرسه «قوام» نجف اقامت گزید و از همان روزهای نخست، دوستی و رابطه نزدیكی با علامه امینی ـ كه در یكی از حجره‌های فوقانی مدرسه، كتابخانه‌ای تأسیس كرده و در حال تألیف اثر مشهور خود ـ الغدیر ـ بود، برقرار كرد.

 

وی فقه و اصول و تفسیر را از استادانی چون علامه امینی، حاج آقا حسین قمی و آقا شیخ محمد تهرانی آموخت. او در نجف، یكی از آثار احمد كسروی را كه در آن به یكی از امامان معصوم(ع) توهین شده بود مطالعه كرد و چون برخی از مراجع نجف كسروی را مرتد دانستند، از این رو به ایران بازگشت تا كسروی را از آن كار بازدارد. وی پس از چند جلسه بحث و گفتگو با كسروی، وی را عنصری بی‌دین یافت.

 

در مرحله بعد به كمك حاج سراج انصاری، شیخ قاسم اسلامی، شیخ مهدی شریعتمداری و جمع دیگری از فضلا و نویسندگان تهران «جمعیت مبارزه با بی‌دینی» را تشكیل داد. اما این جمعیت علیرغم تماس ها و مذاكرات متعدد نتوانست كسروی را از دین‌ستیزی و اغفال جوانان بازدارد. 

 

به همین دلیل نواب صفوی پس از آنكه در آخرین ملاقات خود با كسروی، توسط او و گروه مسلح همراهش تهدید شد، مصمم گردید وی را از میان بردارد. بدین منظور با تهیه پول از دو نفر از روحانیون ـ سید اسدالله مدنی و آقا شیخ محمدحسن طالقانی ـ كسروی را در ۲۳ اردیبهشت ۱۳۲۴ در میدان حشمتیه تهران ترور كرد، اما كسروی جان سالم به در برد و نواب دستگیر و زندانی گردید. وی چندی بعد به درخواست علمای ایران و نجف پس از دو ماه، با قید كفالت آزاد گردید.

 

نواب، پس از آزادی از زندان، طی اعلامیه‌ای جمعیت «فدائیان اسلام» را تشكیل داد. وی در این اعلامیه برادری، استقامت و اتحاد را خط كلی جنبش فدائیان اسلام؛ رسیدن به حاكمیت اسلام و قرآن را هدف اصلی جنبش؛ و شهادت و انتقام و قصاص را روش اصلی مبارزه معرفی كرد.

 

نخستین اقدام این جمعیت، ترور مجدد كسروی در ۲۰ اسفند ۱۳۲۴ بود كه به قتل وی در جلسه دادگستری انجامید. متعاقب آن، نواب مخفیانه تهران را به قصد نجف ترك كرد. در آنجا از مراجع و علما خواست تا برای آزادی قاتلان كسروی بكوشند كه بر اثر تلاش‌های وی، آنان نیز پس از مدتی از زندان آزاد شدند.

 

نواب چندی بعد به تهران بازگشت و روابط نزدیكی با آیت‌الله سید ابوالقاسم كاشانی، كه به تازگی از تبعید بازگشته بود، برقرار ساخت.

 

به دنبال اعلام تشكیل دولت اسرائیل توسط سازمان ملل متحد در ۱۳۲۷ش.، نفرت و انزجار عمومی سراسر جهان اسلام و از جمله ایران را فراگرفت. به دعوت آیت‌الله كاشانی در روز جمعه ۳۱ اردیبهشت ۱۳۲۷ اجتماع اعتراض‌آمیز بزرگی در مسجد سلطانی (امام خمینی فعلی) تهران برگزار شد كه در آن آیت‌الله كاشانی و نواب صفوی شركت داشتند.

 

فدائیان اسلام نیز با ثبت‌نام از نیروهای داوطلب، پنج هزار نفر را برای اعزام به فلسطین و نبرد با اشغالگران بسیج كردند كه دولت وقت مانع از اعزام آنان گردید.

 

نواب صفوی در ۲۷ خرداد ۱۳۲۷ بانی تظاهرات عظیمی علیه دولت عبدالحسین هژیر بود. این تظاهرات به فاصله ۴ روز پس از به قدرت رسیدن هژیر به وقوع پیوست. تظاهركنندگان نمایندگانی را كه به هژیر رأی داده بودند، مذمت كردند و خواستار عزل او شدند.

 

در ۱۴ آبان ۱۳۲۸، عبدالحسین هژیر، كه نقش اصلی در تقلب انتخابات دوره شانزدهم مجلس شورای ملی داشت، توسط فدائیان اسلام به قتل رسید. رژیم كه یكی از مهره‌های اصلیش را از دست داده بود و خود را در مقابل عملیات فدائیان اسلام به شدت آسیب‌پذیر می‌دید، ناگزیر عقب‌نشینی كرد و انتخابات دوره شانزدهم را در فضای نسبتاً آزاد تجدید كرد كه در آن آیت‌الله كاشانی به عنوان نماینده مردم تهران انتخاب شد و او پس از چندین ماه تبعید در لبنان به وطن بازگشت.

 

در اردیبهشت ماه ۱۳۲۹ جنازه رضاشاه به ایران منتقل شد. قرار بود جنازه در قم دفن شود، اما با مخالفت پیگیر نواب صفوی و دیگر یارانش، رژیم ناگزیر منصرف شد و جسد را در شهر ری دفن كرد. در تیر ۱۳۲۹ سپهبد علی رزم‌آرا به نخست‌وزیری رسید. هدف از انتصاب او نایده گرفتن جنبش ملی شدن صنعت نفت و به تصویب رساندن لایحه «گس ـ گلشائیان» بود.

 

این لایحه از طرف كمیسیون نفت مجلس شورای ملی رد شد و آیت‌الله كاشانی نیز طی بیانیه‌ای بر ضرورت ملی شدن صنعت نفت تأكید كرد، اما رزم‌آرا و اكثریت نمایندگان مجلس همچنان در برابر تصویب ملی شدن صنعت نفت مقاومت می‌كردند. در چنین بن‌بست سیاسی، به دستور نواب صفوی، فدائیان اسلام، رزم‌آرا را در روز ۱۶ اسفند ترور كردند و متعاقب آن، رژیم شاه و اكثریت مجلس كه به شدت مرعوب شده بودند چاره‌ای جز عقب‌نشینی در برابر خواست اكثریت مردم نیافتند.

 

از این رو مجلس شورای ملی، پس از ماهها كشمكش سرانجام لایحه ملی شدن صنعت نفت را در كمتر از دو هفته بعد از قتل‌ رزم‌آرا، تصویب نمود.

 

ترور رزم‌آرا، نخست، راه را برای ملی شدن صنعت نفت و سپس نخست‌وزیری دكتر مصدق در ۱۵ اردیبهشت ۱۳۳۰ گشود، اما بلافاصله فدائیان اسلام دستگیر شدند و نواب صفوی نیز در تیرماه ۱۳۳۰، كمتر سه ماه بعد از نخست‌وزیری دكتر مصدق، دستگیر و زندانی شد.

 

پس از ملی شدن صنعت نفت و نخست‌وزیری دكتر مصدق، به تدریج روابط میان فدائیان اسلام و آیت‌الله كاشانی به سردی گرایید، زیرا فدائیان انتظار داشتند كه از آن پس اقدامات عملی برای تحقق حكومت اسلامی صورت گیرد.

 

نواب صفوی در این مقطع با چاپ و انتشار جزوه‌ای تحت عنوان «راهنمای حقایق» و با شعار «الاسلام یعلو و لایعلی علیه» اهداف، اصول و شیوه‌های سیاسی و برنامه حكومت اسلامی موردنظر خود را كه در حقیقت منشور فدائیان اسلام بود عرضه كرد. اما آیت‌الله كاشانی مهمترین هدف را در آن مقطع حفظ دستاوردهای ناشی از ملی شدن صنعت نفت و كوتاه كردن دست استعمار انگلیس می‌دانست.

 

با این همه، پس از حوادث تیر۱۳۳۱ و بروز اختلاف شدید میان جبهه ملی و آیت‌الله كاشانی، فدائیان اسلام لحظه‌ای در حمایت از آیت‌الله كاشانی تردید نكردند و از او در برابر افتراها و تهمتهای سیاسی جبهه ملی و حزب توده دفاع كردند. 

 

نواب صفوی در شهریور ۱۳۳۲ به دعوت سید قطب از رهبران اخوان‌المسلمین برای شركت در «كنگره اسلامی قدس» عازم بیت‌المقدس شد. او در آن كنگره سخنان پرشوری ایراد نمود و مسلمانان را به وحدت برای آزادسازی سرزمین فلسطین فراخواند. وی در این سفر از عراق، سوریه و لبنان بازدید كرد و در شهر صور لبنان با شرف‌الدین عاملی ملاقات نمود.

 

در خلال همین سفر بود كه نواب صفوی با یاسرعرفات كه دانشجو بود ملاقات كرد و او را برای نجات فلسطین و مبارزه با اسرائیل تحریك و تهییج نمود، به طوری كه عرفات در سفری كه بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ایران به تهران داشت، گفته بود عامل اولیه حركت وی در این قیام توصیه نواب صفوی بود. 

 

نواب در ادامه سفر خاورمیانه‌ای خود پس از لبنان به دعوت اخوان‌المسلمین مصر رهسپار قاهره شد. این دوره مصادف با كودتای ژنرال محمد نجیب و بركناری ملك فاروق، پادشاه مصر بود. وی در دانشگاه الازهر سخنرانی كرد كه با استقبال هزاران تن از حاضران مواجه گردید، و اندكی بعد «جمعیت اخوان‌المسلمین» به توسط دولت مصر غیرقانونی اعلام شد. نواب صفوی پس از اطلاع، در تلگرافی كه از ایران به قاهره مخابره نمود، مراتب نگرانی خود و عموم مسلمانان را از اقدام دولت مصر اعلام كرد و خواستار تجدیدنظر فوری آن دولت نسبت به اخوان‌المسلمین گردید. 

 

پس از كودتای امریكایی ـ انگلیسی ۲۸ مرداد ۱۳۳۲، همه دستاوردهای نهضت ملی برباد رفت و زنجیرهای اسارت اقتصادی و سیاسی یكی پس از دیگری با انعقاد پیمان‌های گوناگون، توسط رژیم كودتا به دست و پای ملت ایران بسته شد. از جمله آنها، پیمان نظامی بغداد بود كه در ۱۳۳۴ میان عراق و تركیه منعقد شد و سپس ایران، انگلستان و پاكستان بدان پیوستند.

 

این پیمان، كشورهای منطقه را به عنوان سپر امنیتی و نظامی امریكا و انگلستان در برابر شوروی در می‌آورد. فداییان اسلام به عنوان مخالفت با این قرارداد، حسین علاء نخست‌وزیر وقت را در آستانه سفر به بغداد جهت شركت در اجلاس این پیمان در روز ۲۵ آبان ۱۳۳۴ ترور كردند، اما وی جان سالم به در برد و ضارب دستگیر شد و به دنبال آن نواب صفوی و دیگر اعضای مؤثر فدائیان در اول آذر آن سال بازداشت گردیدند. آنان تحت شكنجه‌های شدید قرار گرفتند و در دی‌ همان سال در دادگاهی نظامی محاكمه شدند.

 

سرانجام پس از چند جلسه، دادگاه، نواب صفوی و سه تن دیگر (سید محمد واحدی، مظفر ذوالقدر و خلیل طهماسبی) را به اعدام محكوم كرد. حكم دادگاه در بامداد ۲۷ دی ۱۳۳۴ به اجرا درآمد. آنها را پس از شهادت در مسگرآباد تهران به خاك سپردند. مدتی بعد جنازه آنان به قم منتقل شده و در آنجا دفن گردید.